すべてのシーサーペントが神話や伝説上の存在であり、目撃証言や写真は事実誤認・ウソなどとする考え方をする人もいます。しかし無闇に存在を否定するだけでは十分に科学的とは言えません。
シーサーペント否定派の代表的な論拠は次のようなものです。
現代では人類の活動が地球規模におよんでいて、それほどの巨大な生物が未発見のままでいる可能性は低いです。
それほどの巨大な生物であるのに死体すら捕獲されていないと言うのは考えられません。
シーサーペントも生物であればオスとメスが出会う必要があり、２個の個体が遭遇するためにはある程度の密度で生息しているはずです。
しかしある程度の密度で生息していればそれはまたある程度の容易さで発見・目撃されているはずであり、発見・目撃されていないということはシーサーペントが存在しないということに他ならないということです。
これらはシーサーペントに限らず多くの未確認生物の存在を否定する論拠にもなります。
これに対するシーサーペント肯定派の反論は次のようなものです。
海洋は陸地より広大であるし、船舶はだいたい決まった航路を運行しているので滅多に人が訪れない領域はかなり広い。
巨大な生物の死骸は浮くのではなく沈む。
世界の海岸線は長大で、どこかの海岸にシーサーペントが打ち上げられていたとしても人の目にまったく触れない可能性は意外と高い。
実物が捕獲されていない以上否定派の方が有利に思えるが、船についた巨大な歯型などのいくつかの肯定的な傍証も挙がっており、今後シーサーペントが発見される可能性は皆無ではないです。
最近では1976年に体長4m以上の未確認の魚類が捕獲されています。この魚類は後にメガマウスと命名され、現在でも世界で30体程度しか捕獲されていません。
つまり、少なくとも体長4m程度の生物が誰にも気がつかれることなく存在していたのです。なお、メガマウスの生態は良くわかっていないが、現在のところ最大のものは5.44mであったそうです。
2001年にはインド洋の深海で全長7mの新種のイカが発見されています。
また、全長が6m程度になるオウギハクジラ属は近年ニ種の新種が記載され、その深海棲の生態からまだ未発見の種が存在するとされます。
鹿児島に漂着したタイヘイヨウアカボウモドキはこれまで数体の死骸でしか知られない幻の鯨でした。
